试管助孕移植囊胚出现畸形的概率和当然妊娠畸形率是一样的，并无说囊胚移植畸形比率高。囊胚移植的试管助孕尽管也有风险和不确定性质，但是原则上出现在多胎妊娠、成功率的上面，畸形的风险不大。本身导致胎儿畸形的要点有许多，像遗传、感染等等，不能单从胚胎来评价。
首先，囊胚移植的试管助孕并不会比自然怀孕的婴儿更常出现畸形问题，囊胚移植的试管婴儿助孕在出生时的畸形率与自然怀孕的婴儿距离未几;第二囊胚移植的过程中，医生会对囊胚进行严格的筛查，只选择健康的囊胚进行移植，从而减低了畸形的风险;最后，囊胚移植的试管助孕在出生后也应当接纳与自然受精的婴儿一样的健康检查和监测。要是在检查过程中发现了任何健康问题，医生会及时进行治疗和干涉，以确保婴儿的健康和安全。
囊胚移植的风险和不确定性1、可能没有胚胎移植或者保存：不是所有胚胎都能在体外发育成囊胚，因此会出现没有胚胎移植或是保存的风险，因此胚胎少的患者不建议囊胚培养;
2、囊胚增高了单卵多胎的概率：大量临床数据回顾性分析发觉囊胚的单卵多胎概率略微偏高，会影响母婴安全。可能跟体外培育过长影响透明带硬度进而转变胚胎孵化相关
导致胎儿畸形的异常原因一、遗传要素：多见父母两方隐性、显著的遗传疾病，近亲结婚等，可导致胎儿染色体不同寻常，出现唐氏综合征，此刻没有治好方法，且新生儿成活率低;
2、己方身体内要点：主应当有妊娠高血压症、妊娠糖尿病等合并病症，可引起胎儿发育畸形;或者历久睡姿不当，胎儿宫内缺氧可导致脑部发育异样;
3、外界要点：囊括污染气体、X射线、惊险商品、烟酒、细菌或病毒感染、重金属等，这些物质可经己方身内吸取后，转运到胎盘，被胎儿摄取后导致胎儿先天性畸形。
囊胚移植是一种趋势，为了母婴安全，国内外越来越提倡单个囊胚移植。但是囊胚培养是一把双刃剑，临床医生会根据患者自身情况、胚胎数量和胚胎质量给出不同的建议，但仍然需要要患者伙伴己方均衡利弊，作出适合自己的抉择。